На последнее дерево планеты напали паразиты, необходимо срочно прогнать их, иначе все живое будет под угрозой вымирания. Согласно сюжету игры ботаникула, пятеро маленьких героев не побоялись защитить свой дом. Каждый наделен удивительными способностями. По отдельности они ничего не стоят, но совместная деятельность и взаимопомощь приведет их к победе.
Перышко самое слабое, но может летать, девочка Грибочек сама себя клонирует, Веточка прилично удлиняется, Маковая Коробочка обладает силой и выносливостью, Фонарик подсвечивает путь в темных закоулках. Отважной команде ботаникулы предстоит разгадать множество тайн и преодолеть серию испытаний, дабы уничтожить оппонентов.